Tuberkulosiaren Diagnostikorako eta Droga Erresistentziaren Detektatzeko Arma Berria: Belaunaldi Berriko Sekuentziazio Xedatua (tNGS) Tuberkulosiaren Hipersentsibilitate Diagnostikorako Machine Learning-ekin konbinatuta
Literatura txostena: CCa: tNGSn eta ikaskuntza automatikoan oinarritutako diagnostiko-eredua, tuberkulosi eta meningitis tuberkulosa gutxiago duten pertsonentzat egokia dena.
Tesiaren izenburua: Tuberkulosoari zuzendutako hurrengo belaunaldiko sekuentziazioa eta ikaskuntza automatikoa: biriketako hodi-tubular eta meningitisaren diagnostiko ultra-sentikorra.
Aldizkaria: 《Clinica Chimica Acta》
BADA: 6.5
Argitalpen eguna: 2024ko urtarrila
Txinako Zientzien Akademiako Unibertsitatearekin eta Capital Medical University-ko Beijingeko Bularreko Ospitalearekin batera, Macro & Micro-Test-ek tuberkulosiaren diagnostiko eredu bat ezarri zuen sekuentziazio zuzendutako (tNGS) teknologian eta ikaskuntza automatikoko metodoan oinarritutako belaunaldi berrian oinarrituta. tuberkulosiaren detektatzeko sentikortasuna bakterio gutxirekin eta tuberkulosis meningitisarekin, bi tuberkulosi motaren diagnostiko klinikorako hipersentsibilitate-diagnostiko metodo berri bat eman zuen eta tuberkulosiaren diagnostiko zehatza, botiken erresistentzia detektatzeko eta tratamendua lagundu zuen.Aldi berean, ikusten da pazientearen plasma cfDNA lagin mota egoki gisa erabil daitekeela TBMren diagnostikoan laginketa klinikorako.
Azterketa honetan, 227 plasma-lagin eta likido zerebroespinal-lagin erabili dira bi kohorte kliniko ezartzeko, zeinetan laborategiko diagnostiko-kohorte laginak tuberkulosiaren diagnostikoaren ikaskuntza automatikoaren eredua ezartzeko eta diagnostiko kliniko-kohorte laginak ezarritakoa egiaztatzeko. diagnostiko eredua.Lagin guztiak Mycobacterium tuberculosis-erako bereziki diseinatutako harrapaketa-zunda-igerileku baten bidez zuzendu ziren lehenik.Ondoren, TB-tNGS sekuentziazio-datuetan oinarrituta, erabaki-zuhaitz-eredua erabiltzen da laborategiko diagnostiko-ilararen prestakuntza- eta baliozkotze-multzoetan 5 aldiz baliozkotze gurutzatua egiteko, eta plasma-laginen eta likido zerebroespinal-laginen diagnostiko-atalaseak lortzen dira.Lortutako atalasea diagnostiko klinikoko bi proba multzotan sartzen da detektatzeko, eta ikaslearen diagnostiko-errendimendua ROC kurbaren bidez ebaluatzen da.Azkenik, tuberkulosiaren diagnostiko eredua lortu da.
1. irudia ikerketa-diseinuaren eskema
Emaitzak: ikerketa honetan zehaztutako CSF DNA laginaren (AUC = 0,974) eta plasmako cfDNA laginaren (AUC = 0,908) atalase espezifikoen arabera, 227 laginen artean, LCR laginaren sentikortasuna % 97,01 izan zen, espezifikotasuna % 95,65 eta plasma-laginaren sentsibilitatea eta espezifikotasuna %82,61 eta %86,36 ziren.TBM pazienteen plasmako cfDNA eta likido zerebroespinalaren DNAren pareko 44 lagin aztertzean, ikerketa honen diagnostiko-estrategiak % 90,91 (40/44) koherentzia handia du plasmako cfDNA eta likido zefalorakizurraren DNAn, eta sentikortasuna % 95,45ekoa da. (42/44).Biriketako tuberkulosia duten haurrengan, ikerketa honen diagnostiko-estrategia sentikorragoa da plasma-laginekiko Xpert-en detekzio-emaitzak paziente bereko zuku gastrikoko laginak baino (% 28,57 VS % 15,38).
2. irudia Tuberkulosiaren diagnostiko ereduaren analisiaren errendimendua populazio laginetarako
3. irudia Parekatutako laginen diagnostiko emaitzak
Ondorioa: Ikerketa honetan tuberkulosiaren diagnostiko hipersentikor bat ezarri zen, tuberkulosi oligobazilarra (kultura negatiboa) duten paziente klinikoentzat detekzio sentsibilitate handiena duen diagnostiko tresna bat eskain dezakeena.cfDNA plasmatikoan oinarritutako tuberkulosi hipersentikorra detektatzea lagin mota egokia izan daiteke tuberkulosi aktiboaren eta tuberkulosiaren meningitisaren diagnostikorako (plasma laginak errazago biltzen dira likido zerebroespinala baino, garuneko tuberkulosiaren susmoa duten pazienteentzat).
Jatorrizko esteka: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?%3Dihub bidez
Makro eta Micro-Test tuberkulosia detektatzeko produktuen aurkezpen laburra
Tuberkulosi gaixoen lagin-egoera konplikatua eta hainbat behar kontuan hartuta, Macro & Micro-Test-ek NGS soluzio multzo osoa eskaintzen du esputo-laginetatik likidotze-erauzketarako, Qualcomm liburutegien eraikuntza eta sekuentziaziorako eta datuen analisirako.Produktuek tuberkulosi gaixoen diagnostiko azkarra, tuberkulosiaren botiken erresistentzia detektatzea, mycobacterium tuberculosis eta NTM idazketa, tuberkulosi negatibo bakterioen eta tuberkulosiaren hipersentsibilitate diagnostikoa, etab.
Tuberkulosia eta mikobakterioak detektatzeko serieko kitak:
| Elementu zk | produktuaren izena | produktuaren probaren edukia | lagin mota | aplika daitekeen eredua |
| HWTS-3012 | Laginak askatzeko agentea | Sputum laginen likidotze tratamenduan erabilia, lehen mailako erregistro-zenbakia lortu du, Sutong Machinery Equipment 20230047. | esputoa | |
| HWTS-NGS-P00021 | Tuberkulosi hipersentikorrentzako Qualcomm kantitatea detektatzeko kita (zunda harrapatzeko metodoa) | Ez-inbaditzailea (biopsia likidoa) hipersentsibilitatea detektatzeko biriketako tuberkulosi eta garuneko nodulu bakterio negatiboetarako;Tuberkulosiarekin edo tuberkulosiaz kanpoko mikobakterioz kutsatuta zeuden pertsonen laginak sakontasun handiko sekuentziazio metagenomikaren bidez aztertu ziren, eta tuberkulosizko edo tuberkulosi gabeko mikobakterioak kutsatuta zeuden ala ez detektatzeko informazioa eta mycobacterium tuberculosis-en lehen lerroko botiken erresistentziari buruzko informazio nagusia. eman ziren. | Odol periferikoa, garbiketa albeolarraren likidoa, hidrotoraxa eta aszita, fokuaren zulaketa lagina, likido zerebroespinal. | Bigarren belaunaldia |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tipifikazioa eta botiken erresistentzia detektatzeko kit (anplifikazio multiplexaren sekuentziazio metodoa) | Mycobacterium idazketa proba, MTBC eta 187 NTM barne；Mycobacterium tuberculosis-en botika-erresistentzia detektatzeko 13 sendagai eta botiken erresistentzia geneen 16 mutazio gune nagusi hartzen ditu. | Esputoa, garbiketa albeolarraren likidoa, hidrotoraxa eta aszita, fokuaren zulaketaren lagina, likido zerebroespinal. | Bigarren/hirugarren belaunaldiko plataforma bikoitza |
Nabarmentzekoak: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium idazketa eta botiken erresistentzia detektatzeko kit (multiplex anplifikazio metodoa)
Produktuaren aurkezpena
Produktua OMEren tuberkulositatearen tratamendurako gidalerroetan deskribatutako lehen eta bigarren lerroko sendagai nagusietan oinarritzen da, NTM tratamenduaren gidalerroetan erabili ohi diren makrolido eta aminoglukosidoetan, eta botiken erresistentzia guneek botiken erresistentziari lotutako gune multzo guztiak hartzen dituzte. OMEren Mycobacterium tuberculosis mutazio konplexuen katalogoa, baita sendagaiekiko erresistentzia-gene eta mutazio-guneen berri eman ere, puntuazio altuko literaturen ikerketaren eta estatistiken arabera, etxean eta atzerrian.
Idazketa-identifikazioa Chinese Journal of Tuberculosis and Respiratory Diseases-ek argitaratutako NTM jarraibideetan laburbildutako NTM anduietan eta adituen adostasunean oinarritzen da.Diseinatutako idazketa-hastapenek 190 NTM espezie baino gehiago anplifikatu, sekuentziatu eta komentatu ditzakete.
Helburuko PCR multiplexaren anplifikazio-teknologiaren bidez, Mycobacterium-en genotipifikazio-geneak eta botiken aurkako geneak anplifikatu ziren PCR multiplexaren bidez, eta detektatu beharreko xede-geneen anplikon-konbinazioa lortu zen.Anplifikatutako produktuak bigarren belaunaldiko edo hirugarren belaunaldiko errendimendu handiko sekuentziazio-liburutegietan eraiki daitezke, eta bigarren belaunaldiko eta hirugarren belaunaldiko sekuentziazio-plataforma guztiak sakontasun handiko sekuentziaziora eraman daitezke xede geneen sekuentzia-informazioa lortzeko.Eraikitako erreferentzia datu-basean jasotako mutazio ezagunekin alderatuz (OMEren Mycobacterium tuberculosis konplexuaren mutazioen katalogoa eta droga-erresistentziarekin duen erlazioa barne), botiken erresistentziarekin edo tuberkulosiaren aurkako sendagaien sentikortasunarekin lotutako mutazioak zehaztu ziren.Macro & Micro-Test-en auto-irekitako esputo-laginaren tratamendu-soluzioarekin konbinatuta, esputo klinikoen laginen azido nukleikoen anplifikazio-eraginkortasun baxuaren arazoa konpondu zen (metodo tradizionaletakoa baino hamar aldiz handiagoa), botiken erresistentzia sekuentzialaren detekzioa izan dadin. zuzenean esputo-lagin klinikoetan aplikatzen da.
Produktuak detektatzeko tartea
34botiken erresistentziari lotutako geneak18tuberkulosiaren aurkako sendagaiak eta6NTM drogak detektatu ziren, estaltzen297botiken erresistentzia guneak;Hamar Mycobacterium tuberculosis mota eta baino gehiago190NTM motak detektatu ziren.
1. taula: 18+6 botiken +190+NTM informazioa
Produktuaren abantaila
Egokigarritasun kliniko handia: esputo-laginak zuzenean antzeman daitezke autolikidotze-agentearekin, kulturarik gabe.
Eragiketa esperimentala erraza da: anplifikazioaren lehen txanda erraza da eta liburutegiaren eraikuntza 3 ordutan amaitzen da, eta horrek lanaren eraginkortasuna hobetzen du.
Idazketa eta botiken erresistentzia integrala: MTB eta NTMren mekanografia eta botiken erresistentzia guneak estaltzen ditu, hau da, kezka klinikoaren funtsezko puntuak, idazketa zehatza eta botiken erresistentzia detektatzeko, analisi software independentea onartzen eta analisi-txostenak klik bakarrean sortzea.
Bateragarritasuna: produktuen bateragarritasuna, ILM eta MGI/ONT plataformetara egokituz.
Produktuaren zehaztapena
| Produktuaren kodea | produktuaren izena | Detekzio plataforma | zehaztapenak |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium tipifikazioa eta botiken erresistentzia detektatzeko kit (multiplex anplifikazio metodoa) | ONT、Illumina、MGI、Salus pro | 16/96rxn |
Argitalpenaren ordua: 2024-01-23